Công ty TNHH một thành viên Phân bón và Hóa chất Dầu khí Đông Nam Bộ  được thành lập theo Quyết định số 115/QĐ-HĐQT ngày 07/08/2008 của Hội đồng quản trị Tổng Công ty Phân bón và Hóa chất Dầu khí;

Sau khi hoàn tất các thủ tục pháp lý, Công ty TNHH một thành viên Phân bón và Hóa chất Dầu khí Đông Nam Bộ chính thức đi vào hoạt động kể từ ngày 01/09/2008;

Ngày 22/12/2010, Hội đồng quản trị Tổng Công ty Phân bón và Hóa chất Dầu khí ký Quyết định số 263/QĐ-PBHC về việc chuyển đổi Công ty TNHH một thành viên Phân bón và Hóa chất Dầu khí Đông Nam Bộ thành Công ty TNHH hai thành viên trở lên;

Ngày 12/01/2011, Hội đồng thành viên Công ty TNHH Phân bón và Hóa chất Dầu khí Đông Nam Bộ ký Quyết định số 06/QĐ-ĐNB về việc chuyển đổi Công ty TNHH Phân bón và Hóa chất Dầu khí Đông Nam Bộ thành Công ty cổ phần Phân bón và Hóa chất Dầu khí Đông Nam Bộ (PVFCCo SE);

Ngày 30/01/2011, Sở Kế hoạch và Đầu tư TP. Hồ Chí Minh cấp Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động doanh nghiệp số 0305918852 cho PVFCCo SE;

Sau khi hoàn tất các thủ tục pháp lý, Công ty cổ phần Phân bón và Hóa chất Dầu khí Đông Nam Bộ chính thức đi vào hoạt động kể từ ngày 01/02/2011 đến nay.